Princip ukládání souborů na OneDrive je poměrně jednoduchý, každý počítač nebo telefon ukládající do stejného účtu na OneDrive si přidá k souboru identifikátor, který počítač kdy soubor uložil. Podle toho se později řídí veškerá synchronizace a pokud soubory nejdou sloučit, vytvoří jejich kopii s názvem počítače. Tím nemůže dojít ke ztrátě a nebo přepsání dat.
Problém nastává pokud si vytvoříte bitovou kopii disku s nastaveným funkčním systémem. Pokud se z jakého koliv důvodu vrátíte k této kopii a spustíte počítač, dojde logicky také k synchronizaci OneDrive, ale bohužel do data, kdy byla bitová kopie vytvořena, v systému je zapsáno kdy byl počítač naposledy spuštěn. Tím vám zmizí na OneDrive všechny nové soubory, které byly po tomto datu pořízeny z tohoto počítače. Dojde k jejich úplnému odstranění, nepřesunou se do koše, takže pokud je nemáte ještě někde uloženy o vše nové přijdete.
Odpojení OneDrive před zálohováním
Před vytvořením bitové kopie disku je nutné odhlásit OneDrive "Zrušit spojení s Onedrive". Pak je vhodné smazat celou složku z OneDrive disku, zejména pro zmenšení zálohy. Data se automaticky znovu obnoví po opětovném přihlášení.

Záchrana dat po obnovení neodhlášené kopie
Pokud už máte uloženou bitovou kopii funkčního systému a OneDrive jste neodhlásili, musíte po obnovení včas zabránit jeho synchronizaci.
Po prvním přihlášení do Windows musíte postupovat velmi rychle a zabránit synchronizaci, odpojení počítače od internetu bohužel nepomůže, protože systém v takovém případě nedovolí odpojení. Pravým klikem myši na ikonu OneDrive vpravo v hlavním panelu a vybrat Nastavení>Účet>Zrušit propojení s OneDrive

Potom vymazejte celou původní obnovenou složku OneDrive z disku. Vraťte se zpět do nastavení OneDrive a znovu se přihlašte k účtu OneDrive. Nové přihlášení vytvoří složku znovu a synchronizuje aktuální obsah ze serveru.
Nejde o chybu OneDrive, jak by se na první pohled zdálo, ale o inteligentní synchronizaci souborů v časových pásmech. Pokud u počítače uděláte tovární nastavení nebo novou instalaci, dojde vždy ke správné synchronizaci dat a tento popisovaný problém nemůže nikdy nastat.
Jde totiž o výchozí kód poslední synchronizace, který má program zapsán v registru a podle něj se řídí synchronizace souborů na daném počítači a tento údaj je po obnovení bitové kopie chybný vzhledem k uplynulému času. Nejčastější problém se synchronizací dat na OneDrive je datum a čas na počíači. Pokud je nesprávný nemůže proběhnout správná synchronizace. Proto si vždy datum a čas zkontrolujte.